Vaimse tervise probleemide - näiteks ärevuse, depressiooni, skisofreenia, Parkinsoni tõve ja Alzheimeri tõve - ennetamise teemal arutletakse avalikult üpris vähe. Praegu ravitakse neid haigusi psühhoaktiivsete ravimitega. Seedekulgla (kus meie mikroorganismid elavad) jääb ajust füüsiliselt üpris kaugele, mistõttu vaimse tervise probleemide ja soolestiku vahel on tavaliselt raske kohe seoseid näha. Ent seoseid on palju - 2014. aasta septembris otsustas USA rahvusliku vaimse tervise instituut (NIMH) soolestiku mikrobioomi ja vaimse tervise probleemide seoste uurimisele uue hoo anda, jagades välja neli kuni miljonidollarilist teadusgranti. Üha enam koguneb tõendeid selle kohta, et vähemalt mõnedel juhtudel on skisofreenia, bipolaarne häire ja obsessiiv-kompulsiivne häire põhjustatud bakteriaalsest infektsioonist, kirjutab Martie Whittekin raamatus"Tervise taastamine probiootikumide abil".
On loogiline, et igas olukorras, kus patogeensed (haigust põhjustavad) bakterid võimust võtavad, tuleks mõelda nende kaitsvatele sugulastele – sõbralikele bakteritele. Ent sellega seosed ei piirdu. Vaimse tervise hädadega on seostatud ka põletikku ning meie sõbralikud bakterid aitavad ka selle vastu.Lisaks on näidatud, et bakterid mõjutavad emotsionaalse käitumise, stressi ja valu moduleerivate süsteemide ning aju signaaliradade väljaarenemist.
