Colorado Ülikooli Inimese mikrobioomi kursus haaras mind üleni endasse ja peale mahuka loengumaterjali on nüüd minu raamaturiiulil kursuse juhendaja prof. Rob Knighti, MD Martin Blaseri jt entusiastidest mikroobiteadlaste raamatud. Teema on lai ja Knighti mikroobid”.
Michael Pollan on tuntud ja tunnustatud ajakirjandusprofessor California Ülikoolis, kes on kirjutanud toitumisega seotud raamatuid ja artikleid: “A Food Rules: Eaters Manual” (eesti k. Toidureeglid 2011), “Omnivores Dilemma”, “In Defence of Food”, “Cooked: a Natural History of Transformation”. Pollan oli ka mikrobioomi kursuse näidisõppevahendiks oma keha mikrobioomi kaardiga.
M. Pollan kirjutab: “Ma võin teile öelda täpse kuupäeva, mil ma hakkasin iseendast mõtlema mitmuses – kui superorganismist, mitte enam lihtsalt üksikindiviidist. See juhtus 7. märtsil. Just sel päeval ma avasin oma e-kirjade postkasti ja leidsin sealt tohutu, arvutit undama paneva mahuga andmestiku, mis tuli Colorado Ülikooli (Boulderis) juures asuvast
Minu mikrobioomi kaardil olid nimetatud sajad bakteriliigid, mis nimetavad minu keha oma koduks. Numbrid, mida esindasid mikroobide geenid, muudavad meid lihtsalt vaid kääbusteks. Tuleb välja, et me oleme vaid 10% inimesed: iga meie keha moodustava inimraku kohta tuleb ca 10 püsivat mikroobi – (sealhulgas kommensaalid – peamiselt kahjutud priileivasööjad) ja mutualistid (kellega meil on vastastikused kasulikud sidemed) ja väga väike hulk patogeene. Me oleme geneetilise materjali kandjad ja sellest 99% on mikroobide oma. Ja välja tuleb midagi sellist, et see “teine genoom” nagu seda sageli nimetatakse, mõjutab meie tervist sama palju ja arvatavalt isegi rohkem, kui need geenid, mida me pärime oma vanematelt. Kuna meie päritud geenid on vähem-rohkem kindlalt paigas, siis oma teist genoomi saame me vormida ja isegi ümber kujundada. toit mikroobidele kui ka “probiootik” – kasulike bakterite populatsioon, mida antakse kehale edasi. Mõned neist leiavad oma tee ema soolestikust piimanäärmetesse ja sealt edasi imikuni, kes sööb oma esimesi toidukordi. Ja kuna vähemalt siiani ei ole kunstpiima tootjad arvestanud neid teadmisi, siis ei ole pudelitoidul olevate laste sooled optimaalselt vajalike bakteritega täidetud – ei prebiootiliste oligosahhariidide ega ka probiootiliste bakterite osas. Enamik mikroobe, mis hõlmavad lapse esimesena, tulevad loomuliku sünnituse käigus – mis on väga mikroobiderikas protsess. Keisrilõige on aga üsna steriilne, mille tõttu vagiina mikroobid sünnitusteedest lapseni ei ulatu. On leitud, et laps, kes omandab loomuliku sünni kaudu ema vagiina mikroobid on vähem vastuvõtlik allergiatele, astmale ja autoimmuunhaigustele, kui keisrilapsed, kes puutuvad esmalt kokku ema nahal oleva mikroobide kogukonnaga ja kelle immuunsüsteem ei pruugi seetõttu korralikult välja areneda.
Pollan vestles Catherine A. Lozupone´ga – mikrobioloogiga, kes oli Knighti laborist lahkumas, et seada Colorado Ülikoolis Denveris sisse enda oma. Tema uuris Pollani mikrobioomi ning võrdles seda teistega sh enda omaga. Lozupone oli 2012 aasta Nature´s avaldatud uuringu “Diversity, Stability and Resilience of the Human Gut Microbiota” peamine autor. Töö püüdis kindlaks määrata “normaalse” ökosüsteemi tasandit ja seejärel uurida erinevaid faktoreid, mis seda taset mõjutasid. Kuidas mõjutab meie mikroobe dieet? Antibiootikumid? Patogeenid? Kuidas kultuurilised traditsioonid? Tänaseks on parimaks lahenduseks proovide kogunemine erinevatelt kogukondadelt üle kogu maailma ja teadlased on sellega ka usinalt ametis. Suurem projekt on momendil “The American Gut Project”, mis loodab sekveneerida (sekveneerimine – järjestusanalüüs) kümnete tuhandete ameeriklaste mikroobide kogukondi; see aitab teadlastel leida seosed inimese elustiili, toitumisharjumuste, tervisliku seisundi ja mikroobide kogukonna ülesehitus vahel.Joonis: BF – Aafrika külalapsed EU – euroopa lapsed
Põliselanike mikroobide kogukond ei paista silma mitte ainult suurema mitmekesisuse, vaid ka erinevate domineerivate esindajatega. Ameerika ja Euroopa soolestikud sisaldavad suurel hulgal bakteroide ja firmicute ning vähesel hulgal prevotella´t. Prevotella domineerib Aafrika põliselanike ja ameerika indiaanlaste hulgas. (Samas ei ole veel selge, kas kõrgem või madalam tase ühestki neist on hea või halb).
Miks mikroobid on erinevad? On see toitumise tõttu – põliselanikel märgatavas koguses täisteraviljad, (mille puhul paistab domineerivat prevotella), kiudaine ja väga vähe liha. (Paljud firmicutes armastavad aminohappeid, seega neid saab olema palju, kui dieet sisaldab palju valku; bakteroidid metaboliseerivad süsivesikuid.) Läänes levinud kehvem mitmekesisus võib olla seotud meie liialdatud antibiootikumide tarvitamise tagajärg (nii tervishoiu süsteemis, kui ka toitumises), meie dieet, mis koosneb töödeldud toitudest (mis on siis puhastatud igasugustest bakteritest – nii headest kui pahadest), keskkonna toksiinid ja tunduvalt väiksem kokkupuude mikroobidega igapäevaelus. “Põliskogukonnad veedavad palju aega väljas ja on suuremas kontaktis taimede ja pinnasega,” märgib Lozupone. Teine teadlane, kes korjas näidiseid Malawis, ütles mulle, et “Mõnedes kultuurides kasvavad lapsed kogukondlikena, neid antakse ühtedest kätest teistesse ja nii nad koguvad rutiinselt suurema mikrobioloogilise mitmekesisuse.” Eraldiseisev väike perekond ei pruugi toetada mikroobide tervist.
Kaks näitajat veel, mis köitis Pollani mikrobioomi uurinud teadlasi. Esiteks oli tal võrreldes keskmise Lääne elanikuga palju kõrgem mikrobioloogiline mitmekesisus, mida võib võtta komplimendina, kuigi Pollani nahal paiknev ekstravagantne mitmekesisus pani mõne teadlase kulmu kergitama. “Mees, kus sa oma kätega oled olnud?” küsis “Minu parimad sõbrad on mikroobid, I osa”
