Oluline on veel, et see muundamine on inimeste poolt juhitud ja kontrollitud, sest mitte igasugune toit, mis on mikro-organismide poolt muundatud, on toit mida tahame süüa.
Fermenteerida saab peaaegu kõike – liha, kala, piima-ja teraviljatooteid, kaun-ja juurvilju, puuvilju, seeni, erinevaid jooke, isegi pähkleid ja seemneid. Mõned näited fermenteeritud toitudest-jookidest: jogurt, hapukapsas, hapukurk, õlu, vein, äädikas, oliivid, kakao, kohvi, pu erh tee, juuretise abil valmistatud leib, juust, salaamivorst.