Jaanikuu nimi pärineb kirikukalendrist, kus 24.06. pühendati keskajal juudi soost prohvet Johannesele. Nime algupärand heebrea keeles on Yochanan, ning Johannes on selle ladina vaste, millest omakorda on tuletatud eestipärane Jaan.
Juuni ehk juni nimi on laenatud vene, rootsi ja saksa keele vahendusel ladina keelest. Iunius – mis on vanarooma aasta 4. kuu – on seostatud esmalt Jupiteri naise Junega.
